Молекулярное моделирование пакетом NAMD

Разделим полный цикл моделирования на 3 основных этапа:

1. Создание необходимую структуру молекулярной системы и определение её топологии
2. Моделирование: минимизация, уравновешивание и модельные расчёты
3. Обработка полученных данных

Структура и её топология

Большинство случаях используются наиболее известные пакеты такие как VMD и MODELLER. Скрипты под этим пакетам пишутся на Tcl и Python, соответственно. Пример использование существующего на Tcl скрипта test.tcl:

$ vmd -dispdev text -e test.tcl

Для скрипта написанный на Python:

$ mod9.17 test.py

Правда, сначала вы должны установить программы VMD и MODELLER. Программа MODELLER используется во всех случаях, если белковой системе имеется брешь (отсутствует кусок пептидной цепи).

Моделирование

Обработка данных