Визуализация данных

Программа HOLE

Программа HOLE позволяет вычислить радиус ионного типа каналов белковых структур. При имеющимся PDB структуре, например, test.pdb, достаточно в командной строке указать

$ hole.sh test

Тогда HOLE создает следующие файлы:

test.hin – входной файл для HOLE
test.hou – выходной файл
testm.qpt – бинарный файл-картинка молекулы
test.qpt – бинарный файл-картинка канала
testq.qpt – бинарный файл-картинка
test.sph – PDB файл канала
test.tsv – численные данные канала
test.vmd_plot – test.qpt файл после qpt_conv обработки

Для просмотра .qpt файлов на VMD необходимо их пропустить через qpt_conv. Этот процесс осуществляется в скрипте для test.qpt. Поэтому во время работы скрипта придется один раз нажать D и два раза кнопку ввод (Enter). В результате получается файл test.vmd_plot, которого в терминале VMD можно вызвать командой source test.vmd_plot.

Сам скрипт

#!/bin/bash
cat > ${1}.hin << EOF
! note that HOLE input is case insensitive (except file names)
coord ${1}.pdb                  ! Co-ordinates in pdb format
radius ~/hole2/rad/simple.rad   ! Use simple AMBER vdw radii
                                ! n.b. can use ~ in hole
!cvect  0 1 0                    ! channel runs approx up Y axis
cpoint 0 0 3                    ! a point in pore
!
! now optional cards
sample 0.25                     ! distance between planes
pltout ${1}q.qpt                ! quanta plot file output
sphpdb ${1}.sph                 ! pdb format output of hole sphere centre 
                                ! (for use in sph_process program)
endrad 12.                      ! This is the pore radius that is taken
                                ! as where channel ends. 5.0 Angstroms is good 
                                ! for a narrow channel
molqpt ${1}m.qpt                ! qpt file of the molecule
                                ! (stick plot in one colour)
EOF
~/hole2/exe/hole < ${1}.hin > ${1}.hou
egrep "mid-|sampled" ${1}.hou > ${1}.tsv
~/hole2/exe/sph_process -dotden 15 -color ${1}.sph ${1}.qpt
~/hole2/exe/qpt_conv