Молекулярное моделирование пакетом NAMD
Мы разделим полный цикл моделирвания пакетом на 3 важных этапа:
- Создание необходимую структуру молекулярной системы и определение её топологии
- Моделирование: минимизация, уравновешивание и модельные расчёты
- Обработка полученных данных
Структура и её топология
Большинство случаях используются наиболее известные пакеты такие как VMD и MODELLER. Скрипты под этим пакетам пишутся на Tcl и Python, соответственно. Пример использование существующего на Tcl скрипта test.tcl:
$ vmd -dispdev text -e test.tcl
Для скрипта написанный на Python:
$ mod9.17 test.py
Правда, сначала вы должны установить программы VMD и MODELLER.
Моделирование
Обработка данных